Silikonille silkkipainatus on mahdollista, mutta se vaatii erikoistuneita silikonivärejä, jotka on suunniteltu tarttumaan silikonipintoihin, koska perinteiset musteet eivät tartu hyvin. Silikonimusteet ovat tyypillisesti kaksiosaisia järjestelmiä, jotka kovettuvat muodostaen kestävän sidoksen ja kestävät kulutusta. Tämän tyyppinen muste on lämmönkestävää, joustavaa ja sitä käytetään usein sovelluksissa, joissa painomateriaali kestää rasitusta, kuten silikonirannekkeissa, lääketieteellisissä laitteissa ja erilaisissa silikonipinnoitetuissa tekstiileissä.
Vahvan tarttuvuuden varmistamiseksi voidaan käyttää esikäsittelyä (kuten liekki-, plasma- tai koronakäsittelyä) pintaenergian lisäämiseksi. Kun silikonimuste on tulostettu, se yleensä lämpökovetetaan sidoksen kiinnittämiseksi. Prosessi vaatii huolellista valvontaa, jotta musteen joustavuus ja kestävyys säilyvät ja samalla saavutetaan laadukas tulostusjälki silikonipinnalle.